Selain lembaga pendidikan di kompleks utama, pesantren membina madrasah-madrasah cabang di Probolinggo, Lumajang, Bondowoso, dan Situbondo. Daftar lengkap tersedia di halaman Data Madrasah Cabang.
Konten sementara — akan dilengkapi Biro Kominfo dari arsip situs lama.